Wasserburg wird ebenso wie die ehemals Freie Reichsstadt Lindau nach dem Preßburger Frieden vom 26.12.1805 dem mit Frankreich verbündeten Königreich Bayern einverleibt. Die Pfarrei Wasserburg ist in vier Gemeinden aufgeteilt: Bodolz, Mitten, Hege und Nonnenhorn. Die neue Regierung verlangt neben der Einquartierung und Verpflegung der Truppen auch eine hohe Rekrutierungszahl aus der Wasserburger Bevölkerung. In den Napoleonischen Feldzügen und in den darauf folgenden Befreiungskriegen müssen viele junge Wasserburger Soldaten auf den europäischen Schlachtfeldern ihr Leben lassen. Die Landwehrbataillone bestehen noch lange über die Befreiungskriege hinaus. Auch in Nonnenhorn und Mitten exerzieren deren Füsilierkompanien.
1812 geht das stark heruntergekommene Schlossgebäude vom Königreich Bayern in Privatbesitz über. Etwa bis zur letzten Jahrhundertwende kann die Pfarrei Wasserburg ihre traditionsreiche, bäuerliche Struktur bewahren. Bis dahin wird der Broterwerb vornehmlich durch Weinbau und Viehzucht gesichert. Manche Bäuerin kann nebenzu ihre Einkünfte durch den Verkauf von Flachsprodukten, insbesondere Rohleinwand, verbessern. Die Fischerei ist erst zu Beginn unseres Jahrhunderts als Erwerbszweig in Wasserburg belegt, war sie doch neben der Jagd stets ein hoheitliches Privileg der adeligen Herrschaft. Um die Jahrhundertwende kommt der Weinbau weitgehend zum Erliegen und wird vom rentableren Obstbau abgelöst. Daneben setzt eine gezielte Fremdenverkehrswerbung ein – die Sommerfrische am vielbesungenen Bodensee wird ein Hauptziel der ersten deutschen Touristenströme.
Durch die Auswirkungen der beiden Weltkriege erfährt auch die dörfliche Entwicklung von Wasserburg gewaltige Rückschläge. Nach der französischen Besatzungszeit beherrscht die reine Zweckbestimmung das Denken der Dorfplaner. Die zunehmende Motorisierung setzt neue Maßstäbe für den örtlichen Straßenbau. Über Jahrhunderte gewachsene, für das Ortsbild typische Bausubstanz, geht dabei unwiederbringlich verloren. Erst in den letzten Jahren ist wieder vereinzelt eine Orientierung an den überkommenen Wertordnungen festzustellen. Nur ein harmonischer Dreiklang zwischen Zweckmäßigkeit, Tradition und naturbelassener Umwelt sichert auf Dauer eine nachhaltige und optimistische Zukunftserwartung.